При выводе поперечников, земля рисуется по отметке существующей головки рельс. Что сделать чтобы СГР не учитывалась как отметка земли? Заранее спасибо

Только правит ЦММ.

СГР - скорее всего у вас в сьемке, т.е. в ЦММ.
Что бы земля не проходила по ЦММ ее надо откорректировать.
Для этого проведите через точки СГР структурную линию.
В свойствах структурной линии в строке ограничивающая - в выпадающем меню выставите "НЕТ".
затем правой кнопкой мыши щелчком по структурной линии выберите в контекстном меню "Выделить образующие точки" при этом точки которые образуют структурную линию подсветятся желтым и тогда в свойствах точнее - в графе "Ситуационная" выбрать "Да".
таким образом ни точки ни структурная линия не будет учувствовать в построении ЦММ.
Возможно еще потребуется перестроить поверхность.